本文总结一下ggplot2包绘图的一些基本图形语法。
R语言中的各种apply函数
用R语言在写函数的时候，会经常用到apply函数，从而避免在R中使用循环，R语言中的apply函数主要有apply()、tapply()、lapply()、tapply()。各种apply函数很容易搞混淆，因此在这里记录一下。
生信文件中的染色体坐标：0-based与1-based
生物信息学有许多文件格式，不同的文件格式的染色体坐标方法并不一样，在文件处理中很容易混淆，因此记录一下。
R语言传参之getopt
使用过程中发现使用R语言自带的CommandArgv()函数只能实现简单的传递功能，如果想要查看脚本具体的help信息似乎没办法实现。
R语言传递参数还有第二种方法，即利用getopt包的getopt()函数，它可以实现这样的功能。
exomePeak2包进行m6A peak calling
本来使用的是MACS2进行peak calling，但是后来发现有专门针对m6A开发的call peaks的R包，而且相比较于MACS2，exomePeak2还能够直接输出peak的count数等等信息，从而后续可以用部分结果进行差异peak分析，所以就采用这个包啦。由于bam文件比较大，所以文章最后会写成需要传参的脚本，这里就用R自带的传参函数。