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RNA-seq分析(2)之Hisat2+FeatureCounts

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本文介绍RNA-seq流程：

  • Hisat2 mapping
  • FeatureCounts 定量

1.Hisat2 mapping

Hisat2 mapping,-x即参考基因组所在的文件夹位置，-1、-2分别为read1和read2的fastq文件，然后将比对产生的sam文件转为bam并进行排序。

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for i in CS-1 CS-2 PS-1 PS-2
do
	hisat2 -x ~/00.reference/index/Dro.mel/genome
	\ -1 03.cut/$i.r1.trimmed.fq.gz
	\ -2 03.cut/$i.r2.trimmed.fq.gz
	\ -p 12 -S 05.mapping/$i.sam
	samtools view -S -b 05.mapping/$i.sam -o 05.mapping/$i.bam
	samtools sort -l 9 05.mapping/$i.bam -o 05.mapping/$i.sorted.bam
	rm 05.mapping/$i.sam 05.mapping/$i.bam
done

2.FeatureCounts定量

-T线程数，-p双端测序，-g根据gene_id进行，设置feature-type，-t指定的必须是gtf中有的feature，同时read只有落到这些feature上才会被统计到，默认是“exon”，-g参数需要提供一个id identifier 来将feature水平的统计汇总为meta-feature水平的统计(即对一个基因来说，统计map到这个基因的exon上的reads数，以此来进行定量)，默认为gene_id，-a参考基因组gtf文件名。

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for i in CS-1 CS-2 PS-1 PS-2
do
	featureCounts -p -T 10 -t exon -g gene_id -a ~/00.reference/01.Dmel/Dmel.gtf
	\ -o 06.counts/$i.count.txt 05.mapping/$i.sorted.bam
done